Tijdens en na de laatste ijstijd (het Weichselien, 115.000 - 10.000 jaar geleden) voerde de wind zand aan uit de toen drooggevallen Noordzee. Daardoor zijn er vier grote zandruggen in Brabant ontstaan. De meest noordelijke loopt grofweg van de Loonse en Drunense duinen over Deuteren, de markt van 's-Hertogenbosch naar de zandverstuiving van Rosmalen en Nuland. De Heinis ligt aan de noordrand van deze zandrug; er is rivierklei ten noorden van de dijk en zand ten zuiden van de dijk (zie de afkalvingen van enkele wielen). Deze zandrug is later doorsneden door de rivieren de Dommel en de Aa en de Zandleij en de Broekleij bij Vlijmen. In het westelijk deel van de Heinis zijn zgn. komgeulgronden (rivierklei) met venige lagen. Hier is de humuslaag 20-50 cm. dik, in de zuidwestelijke hoek meer dan 50 cm. dik.
Zandrug bij 's-Hertogenbosch (oranje) met de Heinis (rood). Kaart openstreetmap.org.